Ivan Julman kuoleman jälkeisenä "v altiottomana" aikana bojaarit aloittivat avoimen taistelun vallasta sairaan ja heikon Fjodorin kanssa. Vahvin heistä oli entinen oprichnik Godunov. Theodoren kuoleman jälkeen patriarkka Job kokosi Zemsky Soborin valitsemaan uuden suvereenin. Patriarkan neuvosto, Boyar Duuma ja Moskovan palveluhenkilöt sekä kaupallisen ja teollisen väestön edustajat kokoontuivat tähän katedraaliin. Todennäköisimpiä ehdokkaita olivat kaksi henkilöä: tsaarin lanko Boris Fjodorovitš Godunov ja tsaari Fjodorin serkku, Nikita Romanovitšin vanhin poika - Fjodor Nikitich Romanov.
Boris Godunovin hallitusvuodet tulivat Venäjän v altion historian vaikeaan aikaan. Tämä oli ajanjakso vuodesta 1598 vuoteen 1605. Itse asiassa tuleva tsaari oli vallassa jo Ivan Julman sairaan pojan Fjodorin aikana.
Boris Godunovin hallituskausi alkoi epäselvästi. Helmikuussa 1598 neuvosto tarjosi v altaistuimen Borisille, mutta hän kieltäytyi. Jotta hän suostuisi, järjestettiin uskonnollinen kulkue Neitsytluostariin, jossa Boris yöpyi sisarensa luona. Tuleva kuningas joutui suostumaan nousemaan v altaistuimelle. Siten Godunovin valinta oli suosittu. Samaan aikaan kuitenkinhänen uskottiin turvautuneen salaa uhkauksiin ja lahjontaan saavuttaakseen tämän.
Boris meni naimisiin kuningaskunnan kanssa vasta 1. syyskuuta vakuuttuneena kansanvaalien vahvuudesta. Boris Godunovin hallituskausi koko pituudeltaan erottui äärimmäisestä varovaisuudesta. Hän pelkäsi v altaan kohdistuvia yrityksiä, eliminoi kaikki häntä epäilevät bojarit. Hänen todellinen kilpailijansa oli vain Fedor Nikitich Romanov, minkä seurauksena kaikki Romanovit tuotiin syytteeseen salaliitosta suvereenia vastaan. Bojarit eivät pitäneet tsaarista, koska he pitivät häntä kauhean seuraajana aateliston vainoamisessa.
Boris Godunovin hallituskausi oli jatkoa Fjodorin politiikalle, tai pikemminkin sille, mitä Godunov teki hänen aikanaan. Hän pyrki kaikin keinoin palauttamaan ihmisten hyvinvoinnin, jota Groznyn aikakaudella loukattiin. Ulkopolitiikassa hän pyrki välttämään yhteenottoja, pidättäytymään uusista sodista. Hän välitti oikeuden vahvistamisesta, hän halusi olla hyvä suvereeni kansalle. Hän todella antoi monia etuja tavallisille ihmisille. Kolmena peräkkäisenä vuotena, vuodesta 1601 lähtien, oli satopuute, joka johti massiivisiin nälkäänkuolemiin. Boris järjesti kuninkaallisen v altionkassasta ilmaisen leivänjaon nälkäisille, aloitti suuria rakennuksia pääkaupungissa antaakseen ihmisille tuloja.
Boris Godunovin hallituskausia seurasi nälänhätä, ryöstö, mutta tämä ei ollut hänen vikansa. Tämä kuitenkin lisäsi tyytymättömyyttä kuningasta kohtaan. Nälänhätää seurasi toinen onnettomuus - kansannousu itsejulistautuneelle Tsarevitš Dmitrille. Tämän taistelun aikana, BorisGodunov kuoli odottamatta (1605).
Godunov piti eurooppalaista koulutusta erittäin tärkeänä. Kuningas kommunikoi ulkomaisten tekniikan ja lääketieteen asiantuntijoiden kanssa, otti heidät mielellään julkiseen palvelukseen. Hän lähetti nuoria ulkomaille, aikoi järjestää Moskovan koulut ulkomailla. Hän muodosti saksalaisten sotilasyksikön ulkomaisen mallin mukaan. Godunovin aikana Moskovan hallitus veti selvästi tiiviimpiä yhteyksiä valistunutta länttä ja eurooppalaisen tiedon assimilaatiota.
Joten useimmat historioitsijat kuvailevat lyhyesti Boris Godunovin hallituskautta. Monet epäilevät, kuinka laillisesti hän sai vallan uskoen, että hänen käsityönsä oli Kamalan nuorimman pojan, Tsarevitš Dmitryn murha Uglichissa.
